En todos los casos el empleador es quien debe pagar las incapacidades al trabajador, y el empleador las cobra luego a la EPS o a la ARL según si la incapacidad es de origen común o laboral.
Cuando el trabajador tiene una incapacidad laboral el contrato de trabajo no se suspende, y por tanto el empleador o la empresa tienen la obligación de seguir pagando el salario del trabajador.
Lo que ocurre, es que cuando el trabajador está incapacitado el salario es sustituido por el auxilio económico a cargo del sistema de seguridad social, al que el trabajador está afiliado y por el que tanto trabajador como empleador han pagado.
Las incapacidades no suspenden el contrato de trabajo, y en ese sentido, el trabajador debe seguir obteniendo los ingresos necesarios para su subsistencia, lo que obliga a que las incapacidades del trabajador sean pagadas directamente por el empleador cuando liquide la nómina, independientemente de que la EPS haya o no reconocido la incapacidad laboral.